南方医科大学岭南药博物馆是在原第一军医大学中药标本馆的基础上建立的。该馆创建于1982年，面积约350m2。2003年对其整体布局作了合理调整及简单装修，新增蜡叶标本896份、瓶泡标本237份，道地药材标本136种。2005年达到常用中药材和中药饮片各400余种、中药制剂200余种、药用植物蜡叶标本1073份，瓶泡标本342份。并设有岭南常用草药、粤北瑶族民间药、四川道地药材、西北道地药材、贵重药材及动物药、矿物药专柜;鼎湖山药用植物、西北高山、荒漠药用植物、校园常见栽培植物等专版及学生课外课题研究专栏等。药材与饮片分别按功效和药用部位两种形式排列，以适应于中医、中药或药学等不同专业的学生参观见习。蜡叶标本和瓶泡标本按哈钦松植物分类系统排列，与中科院华南植物所、中山大学等校标本馆的排列形式相一致。
二十多年来，经过课程教学梯队几代人的共同努力，已成为一个集中药材、中药饮片、中药制剂和药用植物为一体的综合性专业标本馆，并于2003年10月具备了申请国际代码的资格。近年来，除了用于中医、中药、药学专业学生及全校各专业本科生选修课见习外，还接待了广州市政府代表团、吉尔基斯坦军事代表团、古巴军事代表团、美国路易桑那州肿瘤研究中心代表团、香港浸会大学代表团等300多人次的参观交流。现已整理《南方医科大学中药标本馆名录》,建立《南方医科大学标本馆资料数据库》,并制作了《南方医科大学标本馆简介》的多媒体课件,用于教学。并摸索出一整套制作瓶泡植物标本的新技术，正准备申请专利。
2006年再次重新布局，增加标本；分为历史文献、文学艺术、道地药材、民间草药、外来药与民族药、成药产品等8个分馆；正式更名为岭南药博物馆，并建立相应网站，进一步增强了教学辅导作用和科普及对外交流作用。历史文献分馆、文学艺术分馆道地药材分馆岭南草药分馆\民族药与外来药分馆成药产品分馆此外，还设有岭南佳果及药膳分馆等，介绍一些食药同源的岭南中草药历史文献分馆――收集展示有关岭南中草药的历史、人物、传说、故事、书籍等，并定期开展群众性的文学作品征集和参赛活动。文学艺术分馆――收集展示有关岭南中草药的绘画、摄影及造型艺术等作品，并定期开展群众性的绘画、摄影、插花、盆景比赛等活动道地药材分馆――集中展示山奈、广金钱草、广藿香、广陈皮、木鳖子、化橘红、巴戟天、石决明、何首乌、砂仁、海龙、海马等优质传统中药的药材，饮片及常见伪品。岭南草药分馆――集中展示在岭南各地广泛应用的火炭母、五指毛桃、两面针、田基黄、梅叶冬青、三桠苦、积雪草、了哥王、岗松、桃金娘、山芝麻、黑面神、九里香、鬼针草、旱莲草、地胆头、肾茶、毛麝香、冰糖草、马缨丹、溪黄草、金丝草等岭南特色草药。民族药与外来药分馆――集中展示现已引种成功的进口药材和岭南各地少数民族药，如苗药：朱砂根，薯莨，扛板归、水蜈蚣等；壮药：龙船花，一点红，三桠苦、八角枫、木蝴蝶、毛果算盘子、地桃花、黑面神等；藏药：广酸枣、安息香、余甘子、紫檀香、腊肠果、及连南瑶族民间药等。成药产品分馆――集中展示以陈李记、潘高寿、敬修堂、广州中药一厂、白云山制药厂等产品为代表的岭南地产名优中草药制剂以及以王老吉、李锦记等产品为代表的岭南地产名优中草药保健品。此外，还设有岭南佳果及药膳分馆等，介绍一些食药同源的岭南中草药。