海南鹦哥岭自然保护区位于海南岛中南部，东经109°11′27″～109°34′06″，北纬18°49′30″～19°08′41″，地跨白沙、琼中、五指山、乐东、昌江5市县，总面积50464hm2，南北宽约33km，东西长约39km，区内最低海拔170m，最高海拔1812m。
保护区是海南第一大河流南渡江和第二大河流昌化江的主要发源地。早在1981年，海南黎苗族自治州林业局就将鹦哥岭及其周边划为国有水源林重点保护区。2004年海南省人民政府以琼府办（〔2004〕56号）文批准成立海南鹦哥岭省级自然保护区，隶属海南省林业厅，2006年组建管理站，独立行使自然保护区管理职能。2014年经国务院批准晋升为国家级自然保护区。
鹦哥岭保存了华南地区连片面积最大的热带森林，其中基本未受人为干扰的原始森林面积占保护区总面积的64.2%，是海南省目前面积最大、自然景观条件最为复杂的保护区，物种多样性丰富、珍稀濒危物种较多，至今仍有许多未被人们所知的物种，已被列入《中国生物多样性保护战略及行动计划（2011-2030年）》生物多样性保护优先区域。
保护区地处热带向边缘热带过渡地区，位于海南岛以热量为主因的南北分界和以水因子主导的干湿两区的分界。在植物区系地理上处于典型的过渡和交汇带位置，在动物分布方面也体现了热带—亚热带的过渡性质。与海南其他保护区相比较，鹦哥岭的动物生态单元最为完整复杂。鹦哥岭记录的脊椎动物特有种占海南已知特有物种的81.4%，这些特有种占鹦哥岭已知物种的比例达到8.12%，其特有性是海南其他保护区不能比拟的。这里有大量的物种尚未被人类记录和认知，是许多热带物种和亚热带物种的边缘分布区，在研究生物地理学方面具有重要意义。
根据2003～2005年的科学考察报告和之后的补充调查结果，鹦哥岭自然保护区有从湿润雨林、季风常绿阔叶林、山地常绿落叶阔叶混交林、典型常绿阔叶林、落叶季雨林、半常绿季雨林、山地雨林、热性常绿针叶林、山顶常绿阔叶矮曲林的完整垂直谱带，并零星分布有热性竹林、典型常绿阔叶灌丛。区内至今已记录了乡土野生维管束植物2017种，其中国家Ⅰ级重点野生保护植物4种、国家Ⅱ级重点野生保护植物25种，列入国际濒危动植物种国际贸易公约（CITES）附录II的植物147种；记录到脊椎动物481种，其中国家Ⅰ级野生保护动物5种、国家Ⅱ级野生保护动物49种，列入濒危动植物种国际贸易公约（CITES）附录Ⅰ的动物2种、附录Ⅱ的39种。自2005以来，科学家先后在鹦哥岭发现并在国内外专业刊物上发表动植物新属2属、新种20种，包括了螽蟖科1新属和芽孢鳞毛蕨、鹦哥岭地黄连、鹦哥岭树蛙等维管束植物和脊椎动物；中国新记录种包括轮叶三棱栎、鹦哥大蚕蛾等达到了24个、海南新记录种包括伯乐树、龙眼润楠、大杜鹃等190种；此外，还记录到中国特有植物464种，海南特有植物178种，海南特有动物62种。