药师殿供奉着一尊高1.6米的坐姿药师佛像。药师佛是梵文音译，全称是“药师琉璃光如来”，亦名“医王善逝”，“大医王佛”。药师殿坐落在崇圣寺上，崇圣寺的建于南诏时期，具体建造情况说法不一，《蒙段诸异僧》记载：“原崇圣寺初建于诏初，为诏王阁罗风与吐蕃国师赞错证盟处，为吐蕃使臣驻地。”
两面药师佛，头顶为青色宝髻，双耳垂肩，身穿华丽佛衣，跏趺安住莲花台上，面相慈善，仪态庄严。一面双手作法界定印，一面双手作施无畏手印，青色宝瓶放置其上，宝瓶中蓄满甘露。整座佛像以红色格调为主，配上花朵与祥云，金光闪闪，富贵华丽。日光菩萨、月光菩萨分侍左右，容光焕发，彩带飘地，体态轻盈。
大理国内史《大理国僧分五类》载：“蒙氏崇道敬佛，而于城西建八大寺、四道观。其中最壮观为崇圣寺，国师居寺中”。到了南诏劝丰祐时，重用海寿0师，法师献策：“以南诏为佛国，重修崇圣寺为护国大崇圣寺”。另据《南诏野史》（胡本、王本）、《白古通记》等史籍记载，当时崇圣寺与主塔建造时，寺基方7里，圣僧李成眉贤者建三塔，屋890，佛11400，铜40590斤，建于南诏第十主丰祐保和十年至天启元年（公元834至840年），费工708000余，耗金银布帛绫罗锦缎值金43514斤。
药师殿是一座前三、后三、六耳的四合院殿宇。殿内有云南山茶花两株，相传为元代莲峰和尚手植。一株为“麻叶桃红”，另外一株为“松子鳞”。这两株云南山茶花，是昆明市园林局挂牌的古树名木。“麻叶桃红”于1983年枯死。晋宁人何作楫(字逖江)，曾咏《题盘龙山药师院双茶即赠臞仙、纪青昆玉》七言律诗一首。
按千寻塔座落在洱海冲积平原上，地基未见桩孔，塔身自重8000余吨，千余年经多次强震仍巍然屹立，基础的处理是成功的。
1994年10月，成立了崇圣寺三塔文物保护管理所，随后又组建了三塔公园。在“建设民族文化大州”和“保护为主，抢救第一，有效保护，合理利用，加强管理”的方针指导下，省、州、市文化部门对三塔公园进行科学规划，自筹资金，投入8000多万元恢复重建了历史文化景观，置宝鼎，铭三塔历史，建三塔文物陈列馆、夜景灯光工程、三塔聚影池、三塔苑酒店等。
经南诏之后的大理国，佛教较南诏更为发展，有“佛国”“妙香国”之称。崇圣寺建成之后即为南诏国、大理国时期佛教活动的中心。崇圣寺所崇之“圣”为观音，当时，大理地区对观音崇拜极为胜行。大理国二十二代皇帝中，曾有九位到崇圣寺出家为僧。公元1056年，缅甸国王曾两次来崇圣寺迎佛牙，大理皇帝段思廉在寺中以玉佛相赠。元武宗时曾“降圣旨”封释觉性为住持僧，保护寺产，免征粮税。元代亦曾加以维修，使得“殿庑焕然复兴，三塔峙立，金碧交辉，巨丽与山埒（相等）”。
崇圣寺佛像以《宋时大理国画工张胜温画倦梵像》等为蓝本按大理多元文化、佛教禅宗密宗兼容的特色布局雕塑五百九十八尊件佛像法器，均用青铜烧铸而成，除禅宗元祖和九位出国为僧的皇帝系凡人不贴金外，其馀五百七十四尊都贴金彩绘，建筑群落采用细白麻石和青草石进行墙地面铺贴和台阶踏步的支砌，柱础佛台均用大理石汉白玉，整个群落石料整齐划一恢弘大气，体现大理石文化特色。
