福建君子峰国家级自然保护区始建于2003年2月，于2008年1月14日获国务院批准晋升为国家级自然保护区。保护区位于武夷山脉中段东坡余脉，北纬26°19′03″-26°39′18″东经116°47′21″-117°31′22″，横跨福建省明溪县的西北部和东部，涉及枫溪、夏坊、盖洋、沙溪和夏阳5个乡镇的15个行政村，与福建龙栖山国家级自然保护区、福建闽江源国家级自然保护区相连。
保护区总面积为18060.5hm2，其中核心区面积为7497.6hm2，缓冲区面积为4035.8hm2，实验区面积为6527.1hm2，是武夷山脉中段自然保护区的重要组成部分。
保护区属于中亚热带海洋性季风气候。年平均气温18.0℃，极端最低气温-8.1℃，极端最高气温39.1℃.年日照时数1767.1h。年平均降水量1737㎜，最高达2200㎜，主要集中在春夏雨季。降水天数178d，年蒸发量1374.7㎜，年降水量大于年蒸发量。
保护区内生物多样性丰富，区内有维管束植物资源115目219科1692种。其中蕨类植物6目39科180种；裸子植物2目7科14种；被子植物107目173科1498种。其中国家Ⅰ级保护植物有南方红豆杉、钟萼木及历史栽培的银杏等3种；国家Ⅱ级保护植物有金毛狗、福建柏、香榧、鹅掌楸、凹叶厚朴、樟树、闽楠、花榈木、喜树、香果树等21种及花叶开唇兰、浙江金线兰、铁皮石斛、小舌唇兰、苞舌兰等35种兰科植物。
繁茂的森林植被成为动物理想的栖息地。区内脊椎动物有34目100科384种，鱼类资源有5目13科49种，两栖类2目7科26种，爬行类3目12科63种，鸟类17目47科197种，兽类8目21科49种。其中国家Ⅰ级保护动物有黄腹角雉、白颈长尾雉、蟒蛇、豹4种，国家Ⅱ级保护动物有花鳗鲡、虎纹蛙、穿山甲、白鹇、猕猴等34种。
保护区内生态环境优美，不仅拥有十分独特的自然景观，而且保护区及周边社区颇具本地特色的客家文化、民俗风情也得到保存。