高黎贡山保护区具有比较完整的山地生态系统垂直带谱，并保存着许多古老珍稀物种群，孕育出相当多的生气特产种类。保护区的垂直谱多而齐全，是横断山区最具代表性的一个垂直带谱。
源于西藏念青唐古拉山脉，自北向南横亘在云南西部中缅边境地区，它的东面是怒江（萨尔温江）大峡谷，西面是伊洛瓦底江。1983年经云南省人民政府批准在高黎贡山中南段保山市的腾冲县、隆阳区及怒江州的泸水县辖区内建立了高黎贡山自然保护区，1986年经国务院批准成为国家级自然保护区，经营管理总面积124459公顷，2000年经国务院批准，将北段的怒江省级保护区并入高黎贡山国家级自然保护区，成为北迄西藏，南北长约400公里，总面积达40.55万公顷的云南省最大的森林和野生动物类型自然保护区,它北高南低，最高海拔5128米，最低海拔720米。它以其独特的地理地貌、丰富的动植物资源而著称于世，被誉为“世界物种基因库”、“自然博物馆”和“世界雉鹊类的乐园”。
1992年，世界野生生物基金会把高黎贡山自然保护区列为具有国际重要意义的A级自然保护区。1997年，中国生物多样性国情研究报告确定了17个中国生物多样性保护具有全球意义的关键区域，其中高黎贡山是首要区域--横断山南段的重要组成部分。2000年经联合国教科文组织批准加入世界人与生物圈网络。
高黎贡山国家级自然保护区属森林与野生动物类型保护区，主要保护我国纬度最南端较为完整的高山、亚高山生物气候垂直带谱自然景观和异常丰富的生物多样性，类型多样的森林生态系统和种类繁多的珍稀濒危野生动植物物种，分布有羚牛、孟加拉虎、白眉长臂猿、白尾梢虹雉等82种国家重点保护野生动物；分布有树蕨、云南红豆杉、秃杉、长蕊木兰等国家和省级保护野生植物58种。高黎贡山国家级自然保护区核心区面积183789.5公顷，占保护区总面积的45.3%；缓冲区面积142611.5公顷，占保护区总面积的35.2%；实验区面积79148公顷，占保护区总面积的19.5%。生物走廊带，怒江范围内的两段116480公顷，保山范围内4916公顷。
高黎贡山国家级自然保护区涉及怒江州的贡山、福贡、泸水三县，保山市的隆阳区、腾冲县两县区。其中，贡山县境内有独龙江、丙中洛、茨开、棒打四乡镇，福贡县境内有架科底、子里甲、匹河三个乡，泸水县境内有洛本卓、古登、上江、六库、鲁掌、片马六个乡镇，隆阳区境内有潞江、芒宽两个乡，腾冲县境内有明光、界头、曲石、上营四个乡。生物走廊带属贡山县的普拉底乡；福贡县的马吉、利沙底、鹿马登、腊竹底等乡；泸水县的洛本卓、称戛乡；腾冲县的五合乡；隆阳区的潞江乡。
在保护区周边的19个乡镇中，直接受益于保护区森林水源涵养、水土保持效益的有109个村公所21.36万人口。保护区周边是多民族聚居区，居住着汉、傣、傈僳、怒、回、白、苗、纳西、独龙、彝、壮、阿昌、景颇、佤、德昂、藏等16个民族。其中汉族人口稍多，傣族主要分布在隆阳区境内，怒族主要分布在贡山、福贡，独龙族、藏族仅分布在贡山县境内。
高黎贡山国家级自然保护区位于云南省西部，高黎贡山山脉的中上部，北纬24°56′—28°22′，东经98°08′—98°50′之间，由北、中、南互不相连的三段组成。北段位于北纬27°31′—28°22′，东经98°08′—98°37′之间，北与西藏察隅县接壤，东起怒江峡谷，西至担当力卡山山脊与缅甸相邻，面积24.32公顷；中段位于北纬25°11′—26°15′，东经98°40′—98°49′之间，西至高黎贡山山脊与缅甸相邻，东以泸水县、福贡县海拔2500m以上无人居住处为界，向南延伸到泸水县古登乡，北至福贡县的架科底乡，面积3.78万公顷；南段位于北纬24°56′—26°09′，东经98°34′—98°50′之间，东以泸水县和保山市隆阳区境内的高黎贡山东坡海拔1090m以上的山腰为界，西以泸水县、腾冲县境内高黎贡山西坡海拔1900m以上的山腰为界，面积12.45公顷。
高黎贡山山脉南段的山体上部，行政区划分别隶属于腾冲县、保山市和泸水县。南北长135千米，东西平均宽约9千米，呈长条形，总面积12.38万公顷。其中腾冲部分4.23公顷，保山部分3.68公顷，泸水部分4.29万公顷。
高黎贡山与怒江自北并列南下，山顶与河谷相对高差近3000米，被誉为"东方第一大峡谷"，形成明显的森林植被垂直带景观，可划分为7个植被型，12个植被亚型和44个群系。自下而上的分布是：保护区边缘海拔1100米以下，木棉、顶果木、余甘子、虾子花等为主的稀树灌木草丛；1000至1800米为以刺栲为标志的季风常绿阔叶林和云南松林；1800至2200米是以高山栲为优势的半湿润常绿阔叶林和云南松林；1800至2200米是由青冈、贡山栎、硬斗石栎、多变石栎、银木荷、滇楠等组成的中山湿性常绿阔叶林；2700至3100米是以石栎、杜鹃等为主的山顶苔藓矮林，其间分布有温凉性的云南铁杉林、垂枝香柏林和华山松林，东坡3100至3500米有苍山冷杉林；2700至3600米为箭竹属的高山寒温性竹林；海拔3050至3600米为寒温性灌草丛和草甸；3500米以上是流石滩稀疏植被。此外，在海拔1800米上下，还有麻栎、旱东瓜、野核桃、西南桦等小片落叶阔叶林。在众多类型森林环境中，蕴藏着高等植物近千种，秃杉、大树杜鹃、西康玉兰等国家级保护植物约30种。高黎贡山被誉为"哺乳动物祖先分化的发源地"、"南北动物走廊"，保护区内羚牛、白眉长臂猿等都是世界上极稀有的野生动物。保护区于1981年建立，在保山地区和怒江傈僳族自治州分别成立了高黎贡山自然保护区保护处。1986年国务院批准为国家级自然保护区。
高黎贡山是历代兵家争夺的战略要地，山上山下仍可见不少军事遗迹。有南明军队和清军交战的“磨盘石战役”古战场，分水岭一带多处设有古堡、哨卡和峰火台。现有的太平铺烽火台，一字形排列着三座圆锥状烽炉，是古代监视、防范外来侵略的军事设施。第二次世界大战时期，高黎贡山是滇西大-的主战场之一，如今山上仍可见数十处地堡、密密麻麻的弹坑和纵横交错的战壕。
保护区内还有山巅雪景、三叠水瀑布、高山温泉、听命湖、天台山永镇寺等多处景观。
高黎贡山是生态与文化的完美结合体，是一座“人类的双面书架”，令人读赏不尽，探究不完。